Se trata de una ciencia que estudia los microbios y funciona para determinar la presencia o ausencia de microrganismos.
La microbiología juega un papel fundamental en el campo de la medicina, ya que sirve para confirmar una infección y orientar al médico respecto de cuál es la antibioticoterapia necesaria más recomendable. Este diagnóstico se realiza mediante estudios avanzados sobre aquellas especies productoras de resistencia.
Actualmente hay muchas formas de realizar diagnósticos de infecciones, pero los métodos antiguos se utilizan mucho más que otras técnicas de alta tecnología, que pueden brindar resultados más exactos y confiables sobre las distintas especies microbianas de las infecciones.
Uno de los países que se encuentra realizando grandes avances en el campo de la microbiología es Guatemala, donde existen equipos computarizados como el Microscan y Vitek, los cuales sirven para identificar el germen que causa una infección. Los resultados que ofrecen estos equipos son en periodos cortos y con cuadros sugeridos de antibióticos para el tratamiento. 
Con estos instrumentos se pueden realizar varias pruebas para identificar las bacterias y la susceptibilidad a los antibióticos. Igualmente, presentan un sistema experto computarizado que hace más fácil la interpretación e identificación de la bacteria y minimiza el tiempo en la entrega de los resultados, aunque solo pueden ser adquiridos por los grandes laboratorios que practican diariamente muchos exámenes.
Por los motivos anteriores, se está desarrollando recientemente la metagenómica, un campo que usa la biología molecular para buscar secuencias del genoma de los microorganismos, bacterias o virus que forman una comunidad, logrando extraer y analizar su ADN de manera global con el uso de trazadores de ADN que son altamente específicos y presentando los resultados sumamente rápido.
Por lo tanto, resulta posible que en horas se puede indicar cuál es el microorganismo que se encuentra presente en infecciones respiratorias, intestinales, en la sangre o el líquido cefalorraquídeo. Esto se convierte en el futuro del diagnóstico microbiológico.
Por ejemplo, se puede hacer un diagnóstico con esta metodología de patógenos, en infecciones del tracto respiratorio, y ofrece la búsqueda hasta 20 o más gérmenes que usualmente no se investigan en una sola muestra de la faringe.